Il Museo di antropologia di Napoli è un centro universitario, afferente alla direzione museale dell'ateneo federiciano.

Il museo nasce nel 1881, creato dall'antropologo ed etnologo Giustiniano Nicolucci, dietro la spinta di Francesco De Sanctis, allora ministro dell'Istruzione Pubblica. L'allora Gabinetto di antropologia raccoglieva reperti e collezioni accumulate da Nicolucci durante le sue campagne e venne esteso durante gli anni in cui deteneva la cattedra di antropologia all'università partenopea.
Dopo la morte di Nicolucci e durante l'epoca fascista, in cui venne abolita la cattedra di antropologia, il museo rimase chiuso al pubblico, rimanendo un centro di studi strettamente accademico, se non lasciato all'abbandono, con oggetti relegati nei depositi dell'ateneo.

Allo stato di degrado, si aggiunsero le devastazioni dei bombardamenti della Seconda Guerra mondiale degli anni 1943-44, che colpirono i locali dell'università e -conseguentemente- causarono danni anche al museo di antropologia. La cattedra di antropologia venne poi ripristinata nell'anno accademico 1980-81 ed il museo iniziò ad essere restaurato, fino all'apertura al pubblico, avvenuta nel 1994.