Il Museo diocesano di Torino ha sede nella chiesa inferiore della cattedrale di San Giovanni Battista ed è stato inaugurato l'11 dicembre 2008 dal cardinale Severino Poletto, allora arcivescovo della diocesi.

La chiesa inferiore ha dimensioni e pianta esattamente uguali al duomo ed era destinata in origine ad ospitare le tombe dei Savoia e degli arcivescovi della città. Gli scavi archeologici, compiuti in anni recenti ed ora visibili nel museo hanno messo in luce i resti di tre chiese paleocristiane che occupavano l'area, demolite per la costruzione dell'attuale cattedrale: la prima dedicata al Salvatore, la seconda a san Giovanni Battista e la terza dedicata a santa Maria "de dompno".

Per questo l'allestimento del Museo diocesano di Torino è stato progettato per valorizzare e preservare la valenza storica degli ambienti in cui trova sistemazione: essere "museo di se stesso". Questo ha comportato il rispetto delle testimonianze architettoniche ed archeologiche preesistenti.