La chiesa di San Francesco Borgia è una chiesa Cattolica di Catania, ubicata in via dei Crociferi, la strada più scenografica del barocco della città, nel quartiere Terme della Rotonda.
L'interno è a tre navate molto ampie e luminose. Gli altari laterali sono in marmo e presentano delle pale di pittori catanesi del XVIII secolo.
L'altare maggiore, pregevole lavorazione in pietre dure, agate e diaspri siciliani con colonne in agata verde.

Il manufatto è ornato da due statue di angeli e dalla figura dell'Eterno benedicente, al centro è collocato un dipinto ad olio su tavola raffigurante la Madonna di Santa Maria Maggiore, quadro donato a San Francesco Borgia. Copia eseguita nel 1567, l'originale è custodito nella basilica di Santa Maria Maggiore di Roma.